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上海自然博物馆以其丰富的馆藏而闻名，其中包括各类独特的自然标本和专业图书资料。这些珍贵的资源并非一蹴而就，而是通过多种途径积累起来的。
早期，博物馆接收了原英国亚洲文会上海博物馆的部分标本，以及法国震旦博物院的部分自然遗产。此后，采集、收购、赠送和交换等方式都成为博物馆获取标本的重要方式。到1985年，馆内已经积累了超过20万件各类标本，数量之大令人叹为观止。动物标本有6.2万多件，植物标本则多达13.5万，古生物标本有1700多件，新旧石器标本和矿物与岩石标本同样丰富，分别达到了700多件和1700多件。
尤其值得一提的是，上海自然博物馆的馆藏中包含了众多模式标本和国内首次发现的新记录标本，这些都是科学研究和教育的重要资源。馆内珍藏着中国特有的以及全球知名的稀有生物标本，包括6亿年前的化石，这些都反映了地球历史的沧桑变迁。此外，图书馆藏有6万余册中、外文的专业图书资料，为科学研究和教育提供了深厚的知识支持。
上海自然博物馆是中国最大的自然博物馆之一。位于上海市中心，地址：黄浦区延安东路260号。该馆大楼建筑带有英国古典风格，建筑面积为12880平方米。现有组织机构设置包括：动物学部、植物学部、地质古生物学部、人类学部、天文学部、科学教育普及部、资料部、美术设计部、标本制作中心和《自然与人》杂志社。上海自然博物馆现有标本收藏量近27万件，其中“黄河古象”和“马门溪恐龙”被称作“镇馆之宝”。