分子模拟||查找蛋白质结构方法经验总结-科学指南针

发布网友 发布时间:2024-10-24 04:40

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热心网友 时间:2024-11-05 00:12

蛋白质结构查找方法指南

在寻找特定蛋白质结构时,有多个可靠的数据库可供参考:



1. RCSB(rcsb.org)

作为美国布鲁克海文国家实验室的资源,RCSB提供详细的三维结构信息,包括原子坐标、解析方法等。通过搜索蛋白名称,添加筛选条件,筛选出与研究目标相符的结构,并阅读相关解析文章以确认其适用性。点击“Dowload Files”获取PDB文件。




2. Uniprot(uniprot.org)

Uniprot整合了Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD的数据,是蛋白质序列和功能信息的宝库。搜索并查看详细信息,包括交叉数据库链接,如EMBL和RCSB,以获取全面的蛋白质信息。




3. NCBI(ncbi.nlm.nih.gov)

NCBI是全球生物学研究的重要工具,提供在线比对、序列信息查找和分析功能。搜索蛋白质或结构,下载序列信息,并通过“tblastn”模块进行序列比对。




其他相关数据库

HMDB:关注代谢组研究,hmdb.ca,提供代谢物信息和相关生物学作用。
Ensembl:基因组浏览器,ensemblgenomes.org,支持基因组学、进化和转录调控研究。
CATH:蛋白质结构层次分类,cathdb.info,帮助理解结构和进化关系。
SCOP:结构和进化关系数据库,scop.mrc-lmb.cam.ac.uk。


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