如何使用genecards进行基因和蛋白信息查询?

发布网友 发布时间：2024-10-24 04:40

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热心网友 时间：2024-10-24 07:13

在研究一个基因时，了解其研究进展至关重要，包括：

基因是否与癌症相关；

在细胞系或组织中的表达情况；

产物与哪些蛋白质相互作用；

参与哪些细胞通路等。

获取这些信息可通过查阅文献、数据库或网站。下面介绍一个快速获取全面基因信息的网站——GeneCards。

GeneCards是人类基因的综合数据库，收集整理了超过100个网站的数据，提供基因组、蛋白质组、转录、遗传和功能上所有已知和预测的人类基因信息。

GeneCards提供的信息功能包括指向疾病的关系、突变和多态性、基因表达、基因功能、途径、蛋白质与蛋白质相互作用、相关药物及化合物、先进的研究抗体试剂和工具、重组蛋白、克隆、表达分析和RNAi试剂等。

以下以CD4蛋白为例，演示GeneCards的常用和实用功能。

首先，进入GeneCards主页（genecards.org），在“搜索框”输入基因/蛋白名称：“CD4”，或选择输入类型，点击搜索，出现界面。

CD4搜索界面显示多条相关结果，第一个为CD4基因，点击进入详细信息页面。

如果搜索结果中无相同名称，可能为该基因的别名，点击第一个词条链接即可查阅。如果目的基因未收录在GeneCards，则需更换数据库。

接下来，讲解如何查看CD4信息。

1. 基因名称信息：包括科学领域普遍默认的CD4名称缩写和全称，以及其他网站（HGNC, NCBI, Uniprot, Ensembl...）的别名。

2. 概要信息：展示各种网站（Entrez Gene, GeneCards, UniprotKB/Swiss-Prot...）的CD4概要信息，供研究者对比查看。

3. 基因组信息：包括CD4的基因组信息和基因调控信息。

4. 蛋白质信息：包括CD4蛋白的氨基酸数量、分子量大小、翻译后修饰信息，以及相关抗体、蛋白和分析试剂盒产品链接。

5. 结构域和功能信息：列出CD4蛋白结构域信息、抗原序列信息、基因的GO信息、表型信息、动物模型、miRNA产物信息、Inhib. RNA产物信息和细胞系信息等。

6. 亚细胞定位信息：提供CD4表达的亚细胞定位信息，以及预测CD4在各种细胞位置或细胞器的表达占比，可用于免疫定位实验。

7. 通路和相互作用信息：收录CD4相关的信号通路和蛋白互作信息，点击感兴趣的信号通路即可进入详细信息页面。

8. 组份和药物信息：收录基因/蛋白相关的药物产品信息和链接。

9. 转录本信息：提供基因的转录本信息，以及相关的CRISPR、miRNA、Inhibitory RNA和Clone产品链接。

10. 基因和蛋白表达信息：提供基因（mRNA）和蛋白（protein）在各种组织、细胞系的表达水平。

11. 同源性信息：收录直系同源和旁系同源信息。

12. 其他信息：包括变异信息、相关疾病信息、相关文献信息、相关商业产品信息等。

最后，GeneCards将所有相关数据库进行汇总，如HGNC、EntrezGene、Swiss-Prot、pubMed、Atlas等，点击可随时跨平台搜索，信息全面且高效。

GeneCards可以说是基因的百科全书，对于生物领域的各个研究方向的研究者而言，是非常高效、直接和全面了解基因信息的可靠帮手。