介绍一款 MRI&CT 图像预处理强大工具--FSL

发布网友 发布时间:2024-10-24 09:34

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热心网友 时间:3小时前

全名是: F MRIB's S oftware L ibrary

具体地,可以分为以下4类功能

1 结构 MRI

2 . 功能 MRI

3 弥散 MRI

4 其他
前三个功能都是针对特定研究人群的,但是其他里面的小工具适合处理MRI,CT等图像,实用性非常强。

普通扫描的大脑图像包含非常多的组织,如图所示

从图上来看,操作也是非常简单,一句命令就搞定了。图片上有橘色和紫色区域就是提取出的脑组织。

上述中,我们只是把脑组织从图像里分割出来,更进一步,我们可以对脑实质进行分割,分割出白质(WM),灰质(GM)以及核团(CSF)。

该任务就相当于是对大脑组织进行三类分割。

这里就可以用到 FAST 功能。

配准功能也是非常强大,内置了很多个标准空间。

但是,无论是分割还是配准,都有局限性:只对 MRI 脑数据有作用,因为FSL 本身就是脑影像数据处理软件。

那我们不做 MRI 脑数据,这个工具还能干什么呢?

以下简单介绍一些通用功能:

该工具有点类似 PS 工具,可以叠加好几个图层进行显示。比如底层是原始图像,上面一层是分割结果。

该功能推荐程度:⭐️⭐️⭐️⭐️⭐️
以后会详细介绍FSLeyes的使用。这里做一个简单了解。

FSLUTILS 是一组有用的命令行实用程序,允许分析和 Nifti 格式数据集进行转换、处理等。可以同时处理 3D 和 4D 数据。对于这些程序中的每一个,只需键入程序名称即可获得使用帮助。

列举几个常用命令:

以上只是对 FSL 的一个简单介绍,FSL 常用工具的入门很容易。但是要使用 FSL 进行神经影像的分析会有难度。

如果想要更好的学习,提供以下几个链接,读者可自学。

如果你觉得这个功能实用,欢迎阅读下次安装教程~~

请持续关注,后续会详细介绍几个实用功能的用法,包括 FSLeyes, 脑组织分割,配准,Fslutils工具包常用功能。

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